这是一个武术家修行求道的故事……
巫马童年时遭到父母遗弃于荒野，被遗弃于荒野，被遗弃的恐惧与伤痛深深在他心灵留下烙印。年纪小小的巫马独自面对饥饿、冰冷、孤独……这段被孤立的经历，就是他日后恐惧世界、仇视世界的起点。巫马曾以为自己要在这种孤独的绝望中死去，把他自这个困锁中解救出来的是山越，亦是他的师傅。
山越是一位流浪修行的武者，云游天下，四处行医济药，同时修行求道。山越救起了孤儿巫马，即发现这个可怜的孩子天生残障，有半边身体瘫软无力，连正常站立都有困难。山越是内家拳高手，以内家拳的养气之道，助巫马以气导力，令他重新得到活力。这是巫马武术的起点，可是巫马只道自己跟师傅修炼的，是一套强身养气的健体操，却不知自己早在幼年时已在学习太极。但被遗弃的阴影始终缠绕着他，使他的个性逐渐走向暴戾。山越因故必须离开巫马，没想到他的离开让巫马再次感到被遗弃。
成长后的巫马，野性更加显露无疑。他住在采石村的山头，村人将他视为山中一害，只有憨直的丰年不怕巫马，还把他视为好友。巫马对人虽然仍有戒备之心，但对丰年这个唯一不怕自己的人，倒也懂得珍惜，只是因深居山上多年，巫马实在太寂寞。巫马本打算一直长居山上与世隔绝，直至与宁财主发生冲突……
宁财主乃采石村中土豪，唯独巫马绝不买他的帐，结果宁家请来大批打手，要诛杀巫马。巫马深居生活就此被打破，本是猎人的他反而成为了别人的猎物。巫马自小受师傅教导养气之术，加上长年在深山中磨练，体力身手皆异于常人，虽然此刻的巫马根本不谙拳术，出手亦全无章法，但凭着野性的本能，一般的武者也不是他的对手，宁财主的狩猎部队伤亡惨重。巫马虽然神勇，可双拳难敌四手，最终负伤被赶下山。丰年将巫马藏了起来，正当他觉得可以喘口气时，藏身地被宁家的手下发现了，全因一个人，一个告密的女人——桑青。
桑青同样是战乱中被遗弃的孤儿，后来丰年的母亲把她收养，一心将她抚养成人后把她嫁给儿子。虽然跟巫马同是孤儿，但桑青并不像巫马般嫌弃人群，反而对现在所拥有的家族更为珍惜。尽管封面母亲只当她是廉价媳妇，尽管她在家中更像个佣人，但她也不愿意这个家庭再度从她身边溜走。因此当她知道宁财主追辑巫马，并下令谁家包庇他便与他同罪对待时，毫不犹豫地告了密，她只是为了保护这个家。巫马被迫逃离村庄，丰年觉得歉疚便协助他逃离，两人不知何去何从。
时值军阀混战。丰年对新天地充满好奇，一心想成为乱世英雄。而巫马原本只想避世山中，没想到这个世界硬把他逼到这个乱世之中，此刻他发誓赚得权势回村报仇。于是他跟着丰年赶赴战场，期望在战场上出人头地，找寻扬名立万的机会。没想到因为救下敌系余党翠翘与子规姐妹而成为叛兵，只能与她们一起逃亡。相处的日子里，巫马天生凶悍的野性魅力吸引着妹妹子规，但巫马全不动心，皆因他心中只有仇恨。这时丰年也忘记了家乡未过门的妻子桑青，与翠翘一拍即合。翠翘为成全妹妹报仇的心愿又不想妹妹犯险，竟然骗巫马及丰年去杀出卖她们的叛将，巫马便稀里糊涂地成了杀害军管的凶手，正当他要被处刑时师傅山越出现把他救出。
山越后悔当日弃巫马于山上，于是借与市长万笙的交情，以让巫马出战苏联大力士之战来换取他的性命和自由。在山越的训练下，巫马终于赢回了自己的生命，但山越深感他为人过于偏执，决定重新训练他。这段修行的日子，桑青找到他们，一直相伴在巫马身旁，巫马也渐渐被桑青吸引。巫马也得知了父母为了保住自己的性命才把他丢弃的。原来当年巫马父亲巫直乃清室要员，掌管“神技营”，专收集天下武学加以研究保存，而山越是巫直邀到营下收集武功宝典之人，二人情同兄弟。后清室覆亡，二人欲保存宝典而被江湖中人追杀，走投无路时惟有狠心丢下巫马，望其有一线生机。巫马闻言决定找出凶手为父母报仇，山越知这个仇恨是他最大的心结，为化解他这个心结，不惜设计令他误会自己就是其仇人，宁愿牺牲自己帮巫马解开心结。巫马真的把山越手刃，其后方知他是为了让自己冲破心魔舍身成仁。经此一役，巫马终能解脱仇恨的枷锁。为回报山越的期望，也为达成父亲巫直弘扬武道的心愿，巫马开始踏山追求武道至高之路。但此时他仍未完全参透，他被胜负蒙蔽，以致看不到太极真正的意义，无法领悟太极虚空、刚柔之道。直至他遇到晓星……
晓星为苍龙派新任掌门人，少年得志前途无可限量，算是武术界的明星人物。晓星师出名门正宗，有着上佳资质，加上良好的培育环境，及与派中前辈同门的簇拥保护，与巫马无论在经历、个性上都是两个极端。两人算是天生的宿敌，但他们的对决却受尽阻挠。
苍龙派贵为京城第一大门派，岂是巫马说要挑战就能挑战的。苍龙派总管，亦是晓星的师叔百川，对巫马的挑战百般阻挠，但巫马实在是锲而不舍地要跟晓星分个胜负。晓星当时新任苍龙派掌门不久，武馆内其实仍有对他不服的师兄弟，为建立威信，也为免却被巫马苦缠的烦恼，二人终于一战。由于巫马太在意胜负，未能掌握太极的真理，惨败于晓星手上。巫马与晓星除了武功上的较量外，之间早已掀起另一场战事，便是因为子规。当日巫马替子规报了父仇，子规对巫马深受感激，除却感激子规对巫马产生爱意，主动示爱却被巫马拒绝。深受打击的子规因意外失忆
失忆的子规遇上了晓星。晓星对她一见钟情，对她处处照顾。本来失忆的子规对晓星也有了感觉，无奈这段感情尚未萌芽就让巫马再次出现，子规恢复了记忆，自然也忆起了对巫马的感情，及巫马带给她的伤痛。而晓星与巫马的决战，多少也是子规成的，她以为借晓星击败巫马会帮她出一口气，可是，当她见到巫马战败后却一点喜悦都没有。
巫马败给晓星后，尝试检讨自己的失败再次修行，希望有朝一日可战胜晓星。而巫马跟晓星决斗过程中，引起了一个南方高手吕丘傲的兴趣。吕丘傲一生醉心武道，四处寻求强敌及最高的武术。他访寻天下终于遇到山越，相约一较高下，可山越走了，只剩下巫马。吕丘傲看到了巫马天生野性的力量，认定他就是他访寻半生最强的对手，只有跟如此强悍的对手作生死斗，才能把他的人生完全点亮。可他此刻认为巫马尚未达到巅峰，他渴望一斗的，是一个已完美无瑕的巫马，吕丘傲一心想要促成巫马与晓星之间的决战，希望助巫马更上一层楼。巫马知道吕丘傲暗中帮自己提升武功是为了日后与自己作生死斗，明明是将成为敌人的两人，却因武术而有所交流，建立起了一段特别的友谊。晓星发现子规朝思暮想的人是巫马，尊严加上妒忌让他对与巫马再战更是期待。
这时巫马发现百川竟是当年追杀他父母的人，还有他竟是桑青的失散生父。巫马与桑青经历种种波折，好不容易建立起的互信因此事而动摇，桑青更是左右为难。在京城的连番经历让巫马有了深刻体会，他尝试抛开仇恨、控制怒火，以一个武者求道的心态来与百川对阵。正因他这不自觉的放开，令他首次领悟出武学的刚柔之道，学懂了以柔制刚。阴阳交济，令巫马踏进了太极的另一个境界，也击倒了百川。晓星虽不时与百川为自主权而争执，事实在晓星心底，对百川却是由衷的感激和敬重，如今百川因败给巫马而死，为着这有如父子的情分，为着门派的声誉，也为了子规，晓星决意要战胜巫马。经过上次的挫败，经过吕丘傲的连番试炼，巫马的太极功夫已更上一层楼。巫马终于打垮了晓星，也等同打垮了苍龙派。
此役让巫马领悟了更多，决定不再让无谓的偏执阻碍自己和桑青情感的发展，正当他做好准备全心迎接她时，却发现她身边多了一个人——一个带着儿子的丰年。丰年与翠翘诞下一子后，翠翘病故，桑青竟表明要回到丰年身边，跟他一起照顾这个孩子。原来翠翘临死前向桑青忏悔当日抢走丰年，请她原谅，更嘱托她代为照顾稚子。巫马无可奈何，只有让桑青随丰年而去。
巫马打败苍龙派后声名大震，当时中华武术同盟会会长一职正好悬空，巫马与吕丘傲正是当时武术界两大高手，于是成就了会长的争夺站。而此时正疗情伤的巫马，对声名权位毫无眷恋，毅然退出，重返采石村，吕丘傲顺理成章成为主席。巫马决定从生活中修行，找寻师傅口中的“道”。村民对巫马依然远之，而巫马以一己之力击退来袭村子的马贼让大家对他大为感激，本来的憎恨与惧怕也渐渐消去。巫马为让大家学会保护自己，开始训练村民学习自卫之术，曾经憎恨他的人反成了他的弟子。
继任华盟会主席的吕丘傲并不是一个单纯的武痴，他想要利用华盟会作为夺权的工具，借各派力量在京城制造混乱，好让他背后的军阀势力乘乱挥军夺权。另一边，自晓星被巫马打败后苍龙派名声扫地，整个苍龙派树倒猢狲散。晓星记恨巫马，决心报仇雪恨，重振苍龙派声威。晓星自知力量不足，欲拜吕丘傲为师。但此时他发现了吕丘傲的身份及用心，但为了打败巫马，晓星将一切都抛诸脑后，连信念道义也放下。在采石村修行的巫马也得知了吕丘傲的真正身份，他已再没有避战的借口，只因这次再也不单关乎他个人的成败，而是关乎中华武术界的尊严。为了父亲与师傅的理想，为了整个中华武术界，巫马重回京城，决心一战吕丘傲。可凭吕丘傲在武术界已树下的不可动摇的声望，众人根本不相信巫马之言，在吕丘傲的煽动下，巫马反而成了挑拨离间的好事之徒。此时，一心挽救华盟会、挽救武术界的巫马，却成了整个武术界的“敌人”。
巫马一番苦心反成众矢之的，没有任何一个武林中人支持他，直至一个人挺身而出，正是视巫马为天敌的晓星。晓星其实早知吕丘傲的用心，但为了变得更强，他不惜背离理念，但到了最后关头，在大义面前，他终能悬崖勒马，与巫马站在同一阵线。吕丘傲的真面目终被揭穿，可惜众人得知真相时，京城已被斗得乌烟瘴气，叛军已挥军进城。在烽火战乱的背景衬托下，巫马与吕丘傲的终极之战同时展开……